为适应物理、材料和电子等相关交叉学科的研究需要，在985工程、211计划等国家项目资金的持续支持下，南京大学微结构国家实验室微加工中心于2009年成立。在购置了大批大型精密仪器设备，超净实验室的装修和3年的持续完善后，微加工中心现已集纳米材料加工和测试于一体，成为南京大学微加工领域大型设备最为集中、实验环境最好的部门之一。
微加工中心立足于满足微纳米尺度上基础和应用基础研究的多样性要求，以高效、灵活的方式为微结构国家实验室的各课题组和国内外其他研究单位提供服务，将以促进微结构产品的研发和微加工技术的发展为己任，使微结构加工、表征和实际应用方面取得突破性的进展。
微加工中心现在已配置了薄膜沉积、光刻、刻蚀和测试四类国内外同领域最先进的设备，以及高纯水、气辅助支持设备，可以提供精度从微米到数十纳米，集工艺加工—器件测试于一体的纳米加工服务，同时配套建立了建筑面积共计近1000平方米的万级、千级和百级的超净实验室，已经具备研制开发微纳电子、光电子器件和各种传感器等的基础。
微加工中心目前采用的是开放式管理模式，相关人员经培训合格后即可独立使用所需要的设备，微加工中心的工程技术人员也可以提供少量服务，此外，为了充分发挥中心服务实验和科研的作用，微加工中心鼓励品学兼优、勤奋刻苦、有责任意识的同学参与到仪器安装、维护和日常管理过程中。微加工中心欢迎微结构国家实验室的老师和同学以及国内外相关领域的科研工作者到这里来开展实验工作，我们将以坚实的硬件基础和专业的技术支持为各位提供最优质的服务。
